追究这一切，不能不说瘟疫也扮演着历史破坏者和重塑者的暗黑角色。
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蒙古人沿袭自匈奴等远古游牧部落的生物战，最终也反噬到了蒙古人自身。
当时，在攻灭金朝和南宋，以及西征战争中频繁使用生物战的蒙古人，出于游牧部落代代相传的谨慎，一直保留着对于鼠类等瘟疫病源的控制，例如规定不能吃土拨鼠、对于鼠类不能靠近、只能以弓箭远射惊扰等民俗。
但在从游牧社会进入了中华大地的农业定居社会后，瘟疫仍然不可避免地袭击了元朝全国。就在蒙古军队用黑死病病人的尸体袭击黑海港口城市卡法城前三年，公元1344年，大元帝国内部也爆发了鼠疫。当时，朱元璋的故乡安徽濠州先是发生旱灾，随后又暴发了蝗灾和瘟疫，不到半个月时间，朱元璋的父亲、大哥和母亲先后去世，只剩下朱元璋和二哥相依为命，在此情况下，16岁的朱元璋被迫出家当了和尚，并在四处流浪乞讨的过程中，最终加入了“红巾军”，掀开了摧毁大元帝国的序幕。