袁世凯死后，无人具有足够能力统领整个北洋军队及政权，北洋军阀分裂为皖系、直系、奉系三大派系。以段祺瑞为首的皖系控制皖、沪、浙、闽、鲁、陕等省；直系的冯国璋、曹锟，控制长江中下游的苏、赣、鄂及直隶等省；奉系的张作霖占据东北三省。直系在直皖战争中大败皖系，势力勃兴，据有直隶、山东、河南三省地盘，其后又陆续扩展到湖北、陕西、江西、热河、察哈尔、绥远和福建等省。奉系与直系联合击败皖系，势力从东三省深入到蒙疆、京津、热察等地。
有两个派系是从直系军阀中分裂出来的。一个是孙传芳从直系王占元部分化出来，进占福建，之后并吞浙江，后扩展到江苏、安徽、江西三省。孙传芳自称“五省联帅”，虽然名义上属于直系，但并不真正听命于直系首领曹锟、吴佩孚，俨然自成体系。另一个是冯玉祥的西北军。冯玉祥原是曹锟部属，遭受排挤，后来联合直系内部不满曹锟、吴佩孚者，发动“北京政变”，囚禁曹锟，又联合奉系大败吴佩孚。西北军势力占据陕甘宁和河南、河北部分地区，而奉系大举入关，势力扩展到河北、山东，甚至苏北、皖北。