恺撒固然是一位亲民爱民的政治家，但他更是一位卓越的军事将领，具有无人可及的军事才能。
庞培虽然已经逃到了南方，但恺撒始终觉得如芒在背，寝食难安，庞培一日不除，国家就难望统一。他和赛维莱斯及伊萨利库斯商议对策，当下决定，罗马暂时交由赛维莱斯及伊萨利库斯共同管理，自己则率领军队去讨伐庞培。
公元前48年1月，恺撒率军向庞培的盘踞地——布隆迪休姆出发，庞培知道自己不是恺撒的对手，因此带领部下乘船逃往希腊和小亚细亚去了。
恺撒虽然不费一兵一卒而取得了布隆迪休姆，却没有真正打击庞培的有生力量，心里很是不甘，他认为放虎归山必然后患无穷，必须趁热打铁，于是就在布隆迪休姆征集大小船只，率领先头部队渡过了爱琴海。
恺撒的部队气势如虹，很快就攻占了奥利康和阿玻罗两个重要据点，并俘获了许多船只和物资。随后，他命令这些船只开往布隆迪休姆，去接运陆续抵达的步兵和骑兵，不久，恺撒的主力部队已经全部结集在东岸了。
当时，庞培拥有3.6万个步兵、3000个弓箭兵、1200个投石兵、7000骑兵以及300艘战舰。恺撒这方面有3.4万个步兵、1400个骑兵和百余艘战舰。论实力，恺撒比不上庞培，何况他千里远征，背海作战，休息和给养都跟不上。