前面讲到过的惩罚也可以使原来习得的行为消失，但斯金纳主张，处理不期望行为的合适方式是消退而不是惩罚。原因有以下几点：
第一，惩罚不能指引正确的行为。也就是说，惩罚只能中止当前的不期望行为，降低不期望行为出现的频率，而到底哪些行为是社会赞许或期望的却没有任何提示和指导。这样，个体可能以另一种更不合适的行为取而代之，或采取各种形式的攻击行为。例如，惩罚某一欺负同学的学生，不如教给其与同伴相处的技巧以及如何处理同伴之间的矛盾、冲突等。
第二，惩罚要有及时性。当不期望的行为发生以后，要立即予以惩罚，而不要时过境迁以后再旧事重提施以惩罚，否则惩罚就收不到效果。值得注意的是，惩罚强度必须适中，而且只要出现不当行为，就必须予以惩罚。如果孩子欺负同伴的行为有时受到惩罚而有时没有，那么孩子欺负他人的行为就难以改变。
第三，惩罚可能具有副作用。虽然父母和教师原本只是想制止孩子的某些不良行为，但是孩子可能将惩罚和其他行为联系在一起。例如，被父母打骂的孩子可能将挨打被骂的痛苦与父母相联结。惩罚的另一种副作用是儿童可能会模仿惩罚者的做法。例如，被父母打骂的孩子可能会效仿父母惩罚的方式打骂其他孩子。此外，惩罚可能会使被惩罚者产生负面情绪，例如焦虑、恐惧和害怕等，这反而会阻碍个体学习适宜的行为。